Гімназія Блаженного Климентія Шептицького заснована у 1991 році.

В умовах проголошення незалежності України та великого національного і духовного відродження у Львові за ініціативою греко-католицької інтелігенції та підтримки обласного й міського управлінь освіти відкривається Греко-католицький ліцей ім. Климентія Шептицького. Це була перша в Україні школа, де в основу виховної системи були покладені християнські цінності. Благословення на діяльність було отримано від Блаженнішого Мирослава-Івана Кардинала Любачівського, глави Української греко-католицької церкви. Першим директором призначено Марію Кобилецьку. Програма освіти в ліцеї була розрахована на три роки: 10-й, 11-й і 12-й класи. Дворічний курс загальноосвітніх предметів доповнював широкий спектр богословських дисциплін.

Прийняття Конституції України у 1996 році та доповнення до Закону України «Про освіту» зумовили необхідність зміни статусу Ліцею – Український греко-католицький ліцей було перереєстровано на Приватний ліцей імені Климентія Шептицького, як навчальний заклад, що виконує державний освітній стандарт, а також надає можливість поглибленого вивчення дисциплін гуманітарного спрямування. Засновником ліцею було призначено Ігоря Ожиївського. У березні 1998 року було проведено реорганізацію; директором Ліцею призначено Зоряну Шеремету. До Ліцею приймались діти в 9-11 класи на основі конкурсного відбору, було запроваджено семестрове навчання, лекційно-практичну форму проведення занять. Вивчення богословських дисциплін та цілий ряд виховних заходів спрямовувались на формування особистості учня з християнським світоглядом.

Між Церквою та Ліцеєм було укладено угоду про співпрацю. Виховання християнської еліти, духовне вдосконалення – завдання, які поставив перед працівниками та учнями Ліцею Блаженніший Любомир Кардинал Гузар. Глава УГКЦ часто здійснював візитації, цікавився навчальним закладом і спрямовував його діяльність.

Ліцей мав багато труднощів з приміщенням, з фінансами. За кілька років, через відсутність власного постійного приміщення, закладу довелось поміняти три адреси: пл. Данила Галицького, 4; вул. Ковжуна, 6; вул. Клепарівська, 37. У вересні 1998 року Ліцей одержав у довготривалу оренду будинок колишнього дошкільного навчального закладу на вул. Гната Хоткевича, 16. Багато зусиль і коштів довелося вкласти, щоб пристосувати його до загальноосвітнього навчального закладу. Було обладнано класні кімнати, бібліотеку і читальний зал, каплицю для богослужінь, їдальню, медичний кабінет, адміністративні приміщення та ін.

У 2006 році Архиєпископ Львівський Ігор (Возьняк) передав опіку над Ліцеєм монашому Згромадженню отців Салезіян Української Греко-Католицької Церкви, місією яких є виховання молоді. Засновником став о. Петро Майба, він же очолив Ліцей як директор.

7 серпня 2007 року на підставі державної реєстрації зміни найменування до статуту Приватного ліцею Блаженного Климентія Шептицького були внесені доповнення, згідно з якими ліцею присвоєна нова назва: Приватний заклад «Гімназія Блаженного Климентія Шептицького», що дозволило приймати на навчання учнів, починаючи з 5 класу, з метою покращення впливу на дітей навчально-виховного процесу, який пропонує Гімназія.

Гордістю гімназії є її випускники. За 16 років існування навчальний заклад закінчили 586 учнів. Усі випускники вступають у вищі навчальні заклади України та зарубіжжя, стають студентами Українського католицького університету, Духовної семінарії, здобувають наукові ступені, дехто має покликання до монашого та священичого служіння.

Пріоритети гімназії Блаженного Климентія Шептицького як навчального закладу в тому, що вона:

- прилучає дітей до моральних, християнських цінностей;

- забезпечує високий рівень знань для здобуття учнями у майбутньому фахової вищої освіти;

- виховує чесних громадян.